Przebudowa budynku, zmodernizowanego w ramach Programu Inwestycji Dworcowych z dofinansowaniem ze środków unijnych z Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko, trwała prawie dwa lata. Dzięki niej niewielki dworzec, wybudowany w latach 20. XX wieku odzyskał swój historyczny charakter. Elewacja została wykończona ręcznie formowanymi płytkami klinkierowymi w kolorze naturalnej cegły, z którymi współgrają brązowe okna i drzwi, a także ceramiczna dachówka oraz miedziane obróbki blacharskie, rynny i parapety. Nowy wygląd zyskała wiata przed wejściem do strefy obsługi pasażerów. Wykonano ją ze stali pomalowanej na grafitowy kolor. Pod sufitem wiaty zamontowano aluminiowe elementy ozdobne imitujące naturalne drewno w kolorze złotego dębu. Ma ona również przeszklony dach, na skraju którego umieszczono podświetlany napis z nazwą dworca, a pod nim zamontowano stojaki rowerowe. Historyczny charakter budynku podkreśla też stylizowany zegar z rzymskimi cyframi, a bryłę iluminacja nocna obiektu.
Metamorfozę przeszła także przestrzeń obsługi podróżnych. Posadzkę holu wykończono płytkami imitującymi drewno i kamień, tworzącymi geometryczny wzór. Ściany do wysokości lamperii obłożono wielkoformatowymi panelami gresowymi w kolorze szarym, a powyżej pomalowano na biało. Oświetlenie wykonano w formie reflektorów na szynie. We wnętrzu holu-poczekalni umieszczono tablicę z rozkładem jazdy pociągów, ławki, kosze, gabloty oraz defibrylator. W sąsiedztwie holu znajdują się toalety dla podróżnych. Na parterze budynku zlokalizowano także lokal handlowo-usługowy. Natomiast na zewnątrz pod wiatą przewidziano miejsca dla automatu z przekąskami i biletomatu.
Dworzec został w pełni przystosowany do obsługi osób z niepełnosprawnościami. Wdrożono w nim szereg rozwiązań, które poprawią ich komfort. Wśród nich plany dotykowe, oznaczenia w alfabecie Braille’a czy ścieżki prowadzące dla osób niewidzących i niewidomych. W budynku znajdzie się również toaleta dla osób z niepełnosprawnościami, a na zewnątrz, przy wiacie, podjazd dla wózków.
Budynek stał się również przyjazny środowisku. Zamontowano w nim energooszczędne oświetlenie, a pod ziemią zbiornik retencyjny magazynujący deszczówkę. Po oczyszczeniu będzie ona używana do spłukiwania toalet i podlewania zieleni. W otoczeniu dworca ułożono nawierzchnię wykonaną z ażurowych płyt betonowych, pozwalającą na odprowadzanie wód deszczowych bezpośrednio do gruntu. Zwiększa ona również powierzchnię biologicznie czynną w sąsiedztwie dworca. Pozytywny wpływ na energooszczędność budynku ma również jego ocieplenie, a także użycie okien i drzwi o odpowiednich parametrach technicznych. Warto także zwrócić uwagę na zastosowanie systemu inteligentnego zarządzania budynkiem. Steruje on urządzeniami i instalacjami na dworcu, a także optymalizuje zużycie energii elektrycznej, cieplnej i wody. Czuwa on również nad bezpieczeństwem dworca, gdyż integruje systemy monitoringu, kontroli dostępu oraz sygnalizacji włamania i napadu.
Przebudowa dworca objęła również jego najbliższe otoczenie. Poza nową nawierzchnią, podjazdem, wyznaczeniem miejsc parkingowych oraz uporządkowaniem terenów zielonych zamontowano także stojaki rowerowe. Część z nich mieści się pod wiatą przy wejściu, a pozostałe umieszczono przy ścianie budynku od strony peronów. Ciekawym akcentem są nowe elementy małej architektury, takie jak m.in. murki gabionowe, ławki, kosze czy oświetlenie. W otoczeniu dworca przewidziano również miejsce na foodtrucka.
Łączny koszt przebudowy dworca w Jastarni to prawie 11 mln zł brutto. Inwestorem są Polskie Koleje Państwowe S.A. Wykonawcą robót firma MERX sp. z o.o. z Warszawy, a dokumentację projektową opracowała Paka Architekci sp. z o.o. ze Skierniewic.