Kolejnym z dużych przedsięwzięć inwestycyjnych Wodociągów Krakowskich jest modernizacja oczyszczalni ścieków Kujawy, zakończona 30 listopada 2015 r. Głównym celem modernizacji było uzyskanie wymaganej przepisami efektywności w zakresie usuwania azotu. Po przeprowadzeniu inwestycji oczyszczalnia spełnia wymogi tzw. dyrektywy ściekowej (91/271/EWG).