11 września nie obowiązywały w Polsce ostrzeżenia hydrologiczne.
W oparciu o prognozy pogody poinformowano na piśmie dyrektorów regionalnych zarządów gospodarki wodnej, że w drugiej połowie tygodnia należy spodziewać się silnych opadów deszczu, których suma może znacznie przekroczyć 100 mm i należy być przygotowanym na możliwość wystąpienia znaczących, gwałtownych wezbrań w rzekach, dlatego zlecono kontrolę oraz analizę gotowości obiektów hydrotechnicznych do przeprowadzania wód powodziowych oraz przeglądu dokumentacji zbiorników.
12 września od godz. 12.00 na podstawie aktualnych prognoz pogody Wody Polskie zwiększyły ponad 3 razy odpływy wody ze zbiorników Otmuchów (z 6,0 m3/s na 20 m3/s) i Nysa (z 10 m3/s na 35 m3/s). Stan na wodowskazie Bardo na Nysie Kłodzkiej (Kotlina Kłodzka) wskazywał wtedy dolne strefy średnich stanów wody.
Stany ostrzegawcze przekroczono dopiero 13 września o godz. 19.00.
Pomimo trwającego remontu na zbiorniku Otmuchów udało się wykorzystać go do celów przeciwpowodziowych. Wody Polskie 12 września nakazały usunięcie całego sprzętu budowlanego oraz zabezpieczenie i opuszczenie placu budowy, dzięki czemu zawczasu przygotowano zbiornik na przyjęcie fali.
12 września i 13 września zbiorniki w kaskadzie Nysy Kłodzkiej (Topola, Kozielno, Otmuchów, Nysa) miały prawie 180 mln m3 zabezpieczonej rezerwy powodziowej. Ze względu na przeciwdziałanie zakwitowi złotej algi dotychczas zbiorniki zrzucały wodę w określonym przepływie zgodnie z zaleceniami Międzyresortowego Zespołu ds. Odry.
13 września prognozy meteorologiczne i hydrologiczne uległy radykalnej zmianie, jednak nadal wskazywały że wystąpi niski stan wód powodziowych, który zmieści się w korytach rzek.
W rzeczywistości w dniach 12-16 września suma maksymalnych opadów w Kotlinie Kłodzkiej przekroczyła 300 mm, a modele pokazały, że wody powodziowe w Kotlinie przekroczą lokalnie stan przepływów w rzekach dla wód 0,5% (czyli prawdopodobieństwo raz na 2000 lat), tj. więcej niż pokazywały wcześniejsze prognozy.
14 września w wyników gwałtownych opadów deszczu oraz gwałtownych wzrostów stanów wody praca zbiornikami kaskady Nysy Kłodzkiej weszła w tryb powodziowy. Od tego momentu zadaniem PGW Wód Polskich było sterowanie tymi zbiornikami w celu maksymalnego obniżenia stanu wód powodziowych poniżej kaskady Nysy Kłodzkiej (w szczególności w mieście Nysa, Skorogoszcz i Lewin Brzeski), ale jednocześnie także niedopuszczenie do nałożenia się fali powodziowej z Kotliny Kłodzkiej i z Odry we Wrocławiu i innych miejscowościach poniżej ujścia Nysy Kłodzkiej.
Realizowany scenariusz polega na przepuszczeniu przez Wrocław najpierw fali powodziowej z Nysy Kłodzkiej, a następnie z Odry.
W trakcie powyższych prac, ze względu na ekstremalne opady deszczu doszło do dwóch poważnych awarii zbiorników wodnych PGW Wód Polskich działających w ramach Kotliny Kłodzkiej – na zbiorniku Stronie Śląskie i na kaskadzie Nysy Kłodzkiej – na zbiorniku Topola. Awaria na zbiorniku Topola nie spowodowała zagrożenia dla miejscowości poniżej, gdyż całą falę powodziową przyjęły na siebie zbiorniki Otmuchów i Nysa.